辦理醫療機構執業許可證需要按照以下流程進行：

1. 準備材料：營業執照、法人身份證、醫療機構的規劃布局圖、器具設備清單、醫院章程、醫務人員聘用合同等材料；

2. 填寫申請表并提交申請：在所屬的衛生健康委員會提交申請表，并將所需材料一并提交，辦理窗口會對材料進行審核，確認后辦理費用要求；

3. 收取費用并交驗材料：交納辦理費用并將費用憑證和所有材料交驗辦理窗口，并在規定的時間內完成匯款手續；

4. 審核和驗收：辦理窗口會審核材料完整無誤后下發執業許可證，由醫療機構的法人代表簽字后，即可取得執業許可證。

以上是醫療機構執業許可證的辦理流程，辦理時間為2-3個月。如果您需要更便捷的辦理過程，可以聯系順美商務服務有限公司代辦醫療機構執業許可證申辦服務。